Há pouco tempo tive alguns problemas com o gnome-panel. Alguns applets não apereciam no painel, e lembro-me que eu havia setado o Rhythmbox para ser inicializado como um applet mas toda vez que eu iniciava o player a aplicação não aparecia no painel, tudo parecia ok com o player como o pid, execução pelo terminal... e não era apenas o Rhythmbox, tinham outros applets que não estavam aparecendo no painel, e comecei a procurar a resolução do problema.
Percebi que isso acontece devido algumas mudanças de visual do gnome como, themes, compiz e outros.
De tudo que pesquisei apenas dois comandos me convenceram.
Digite no terminal os seguintes comandos:
$ gconftool-2 --recursive-unset /apps/panel
$ gnome-panel &
Depois disso o painel voltará as suas configurações iniciais, ou seja, as configurações default do painel da distro. Você terá que organizar e customizar seu painel novamente. ;)
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